Использование в пищу продуктов питания с ГМО компонентами может стать причиной возникновения разных серьёзных осложнений, например, таких как аллергия, возникновение мутаций, возрастание риска онкологических заболеваний, а ткже устойчивость к антибиотикам. ГМО способны накапливать пестициды, гербициды, а также продукты их разложения. В следстиве этого ГМО могут быть канцерогенными и мутагенными.
К примеру, гербицид глифосат, который используется при выращивании трансгенного хлопчатника и сахарной свёклы, может стать причиной развития лимфомы.
Отдельные гербициды способны оказывать отрицательное воздействие на здоровье и способность к выживанию человеческих эмбрионов. Также могут вызывать мутации.
Итогом внутриклеточных процессов, происходящих в сортах ГМ табака и риса, которые отличаются от обычных табака и риса накапливанием биологически активных веществ и повышенной урожайностью, могут вызвать возникновение и быстрое развитие ракового заболевания. Результаты исследований на крысах показали, что у особей, которые питались ГМ картофелем, состав крови изменился в худшую сторону. Также были выявлены аномально большие или маленькие внутренние органы. Это было замечено у всех животных.